Je nachdem um welche Erkrankung es sich im Enddefekt bei den Halsschmerzen handelt, können auch verschiedene Krankheitserreger daran beteiligt sein. Dazu gehören die Bakterien, Viren und auch Pilze, die die unangenehmen Schmerzen verursachen. Alle drei Erreger müssen auf unterschiedlichster Weise therapiert werden, da sie verschiedene Eigenschaften aufweisen und nicht gleich auf die Einwirkung von außen reagieren.

Haben sich Bakterien in die Schleimhaut des Rachens eingenistet und weiter vermehrt, hilft oft nur ein Antibiotikum auf ärztlicher Anordnung. Bakterien haben aufgrund ihrer ausgeprägten Lebensweise, Stoffwechsels und Aufbau die Möglichkeit sich ohne weitere Hilfe fortzupflanzen.

Im Allgemeinen gibt es zwei Zellwandvarianten bei den Bakterien, die aus unterschiedlichen Molekülen zusammengesetzt sind. Sie unterscheiden sich sowohl in der Dicke als auch in der Anfärbbarkeit durch Farbstoffe, die man auch beim Mikroskopieren verwendet. Man unterscheidet:

• gramnegative Bakterien ( rot gefärbt )
• grampositive Bakterien ( blau gefärbt )
  

Zudem unterscheidet man die Bakterien nach ihrem Verhalten gegenüber Luftsauerstoff:

• Aerobier ( brauchen Sauerstoff )
  

--> obligate Aerobier ( brauchen unbedingt Sauerstoff, z. B. Tuberkelbakterien )
--> fakultative Aerobier ( können notfalls auch mit Sauerstoff leben )

• Anaerobier ( brauchen keinen Sauerstoff )
  

--> obligate Anaerobier ( sterben durch Sauerstoff ab, z. B. Tetanuserreger )
--> fakultative Anaerobier ( können notfalls auch ohne Sauerstoff überleben )        

Um weiter zu existieren und sich zu vermehren, brauchen die Bakterien Nährstoffe wie Eiweiß, Wasser, Zucker und je nach Bakterienart auch noch weitere Zutaten. Ebenso ist ein optimaler pH - Wert ( Säuregehalt ) für die Fortpflanzung wichtig. Sind diese Lebensbedingungen nicht vorhanden, so drohen sie abzusterben. Um solche "schlechte Zeiten" zu überstehen, wandeln sich manche Bakterien in eine anspruchslose Dauerform um: diese heißt Spore. Unter diesen Umständen ist das Bakterium allerdings nicht mehr in der Lage sich weiter zu teilen.    

Sind die Halsschmerzen eine Folge von Viren kann man nicht allzu viel gegen diese extrem kleinen Mikroorganismen tun. Im Gegensatz zu den Bakterien sind die Viren für ihre Vermehrung auf fremde Zellen angewiesen, denn sie selbst sind keine Zellen und besitzen auch keinen eigenen Stoffwechsel. Um sich vermehren zu können, müssen die Viren fremde Zellen befallen und diese dazu bringen, Viren herzustellen. Durch diesen Virusbefall geht daher die befallene Zelle ( Wirtszelle ) immer zu Grunde. Daher werden sie auch gerne Zellparasiten genannt. Jedes einzelne Virus ist auf bestimmte fremde Zellen festgelegt und auch nur diese befallen. Auf Grund dessen kann man Viren nicht mit Antibiotika behandeln, da diese Arzneimittel speziell auf Bakterien und ihren Stoffwechsel abgestimmt sind. Arzneimittel gegen Virusinfektionen nennt man dagegen Virusstatika, werden aber in der Regel nicht bei viral bedingten Halsschmerzen eingesetzt. Da die Viren Unterschiede im Aufbau aufweisen und zum Teil unempfindlich ( resistent ) geworden sind, sind Virusstatika nicht immer wirksam.

Eher selten treten Halsschmerzen in Folge von einem Pilz ( Mykose ) auf. Pilze sind Einzeller, die oft große Zellverbände bilden, in denen die Einzelzellen unterschiedliche Formen und auch Aufgaben übernehmen. So ein großer Zellverband heißt Myzel oder Fruchtkörper und ist auf dem Nährboden als große Pilzkultur zu sehen. Die Mykosen werden durch die Sporenbildung der Pilze hervorgerufen. Dies geschieht am besten bei optimalen Bedingungen, wie Wärme und reichlich Zucker.

Auch hier sind Antibiotika unwirksam, da sich Bakterien und Pilze sowohl im Stoffwechsel als auch im Zellwandaufbau unterscheiden. Dagegen werden bei Mykosen Arzneimittel eingesetzt, welche Antimykotika heißen.